夏琼寺初建时属于噶丹派,格鲁派兴起后,它和其他噶丹派寺院一样,成为格鲁派寺院,采用色拉寺佛学教程,属于色拉寺系统。清乾隆三十六年(1772)十月,三世却藏阿旺图登旺秋(1725--1796)任该寺第三十九任总法台,曾捐银4000余两建成该寺具有128根大柱的经堂。自此,历辈却藏活佛为该寺寺主,夏琼寺成为佑宁寺的属寺之一。重琼寺所辖寺院《安多政教史》载有20多座,《夏琼寺志》云25座,主要分布在化隆县的西半部,即今支扎乡的支扎寺,雄先乡的雄先寺、卡夏德静房、赛康静房,查甫乡的才毛吉静房,扎巴乡的达东尕布寺、东冲寺、甲玉寺,德加乡的德加寺、知乎隆寺、昂思多乡的尕吾寺、尕若洞寺、尖扎麻尼经堂,二塘乡的科才卡昂寺,群科镇的安达恰罕卡昂寺、贡依寺、文布具卡昂寺,沙连堡乡的卡岗寺、郭卜列寺,德恒隆乡的尕加知岗寺、那加寺、塘才噶尔寺,加合乡的多达寺、麻达寺,石大仓乡的乙什扎寺。解放前夕部分寺院已经消亡,一般传为18座属寺,内分上下二部,支扎、查甫地区寺院称为上部属寺,其下至乙什扎寺,称之为下部属寺。《夏琼寺志》亦云,今海南州贵德县白马寺(藏语谓之郭密却什典格寺)、化隆德恒隆若索寺、甘都东麻昂寺、海西州都兰县香日德镇香日德班掸行辕等原为夏琼寺属彦,后献白马寺于却藏活佛,献若索寺于尖扎拉莫德千寺的直于仓活佛,献东麻昂寺于拉卜楞寺第二世嘉木样活佛。香日德班禅行辕最初由六世班禅赐给夏琼寺,后因路途远,夏琼寺复献于班禅大师。