夏琼寺初建时属于噶丹派，格鲁派兴起后，它和其他噶丹派寺院一样，成为格鲁派寺院，采用色拉寺佛学教程，属于色拉寺系统。清乾隆三十六年(1772)十月，三世却藏阿旺图登旺秋(1725--1796)任该寺第三十九任总法台，曾捐银4000余两建成该寺具有128根大柱的经堂。自此，历辈却藏活佛为该寺寺主，夏琼寺成为佑宁寺的属寺之一。重琼寺所辖寺院《安多政教史》载有20多座，《夏琼寺志》云25座，主要分布在化隆县的西半部，即今支扎乡的支扎寺，雄先乡的雄先寺、卡夏德静房、赛康静房，查甫乡的才毛吉静房，扎巴乡的达东尕布寺、东冲寺、甲玉寺，德加乡的德加寺、知乎隆寺、昂思多乡的尕吾寺、尕若洞寺、尖扎麻尼经堂，二塘乡的科才卡昂寺，群科镇的安达恰罕卡昂寺、贡依寺、文布具卡昂寺，沙连堡乡的卡岗寺、郭卜列寺，德恒隆乡的尕加知岗寺、那加寺、塘才噶尔寺，加合乡的多达寺、麻达寺，石大仓乡的乙什扎寺。解放前夕部分寺院已经消亡，一般传为18座属寺，内分上下二部，支扎、查甫地区寺院称为上部属寺，其下至乙什扎寺，称之为下部属寺。《夏琼寺志》亦云，今海南州贵德县白马寺(藏语谓之郭密却什典格寺)、化隆德恒隆若索寺、甘都东麻昂寺、海西州都兰县香日德镇香日德班掸行辕等原为夏琼寺属彦，后献白马寺于却藏活佛，献若索寺于尖扎拉莫德千寺的直于仓活佛，献东麻昂寺于拉卜楞寺第二世嘉木样活佛。香日德班禅行辕最初由六世班禅赐给夏琼寺，后因路途远，夏琼寺复献于班禅大师。
